Der Nijkerkernauw ist 1967 bei der Einpolderung von Süd-Flevoland entstanden. Der Nijkerkernauw gehört zu den Randseen und liegt zwischen Gelderland und Flevoland. Der See grenzt im Nordosten auf der Höhe von Nijkerk an den Nuldernauw und geht im Nordwesten auf der Höhe von Spakenburg ins Eemmeer über.
Er ist zusammen mit dem Nuldernauw der schmalste Randsee. Der Nijkerkernauw wird durch einen Damm vom Nuldernauw getrennt; in diesem Damm befindet sich die Schleuse Nijkerkersluis. Hierüber verläuft die N301, die das alte mit dem neuen Land verbindet.
In den Nijkerkernauw mündet auf der Höhe von Nijkerk der Arkervaart-Kanal. Und zwei Kilometer westlich hiervon mündet der Wiel. Hier liegt das Pumpwerk, das überschüssiges Wasser aus dem Polder Arkemheen in den Nijkerkernauw ableitet.